给单细胞 cluster 注释用的精选 marker：每个类型 3–5 个核心 marker、辅助 marker 和用来排除相近类型的阴性 marker，人和小鼠分别给出。粘贴一个 cluster 的 top 基因，可以反查最可能的细胞类型。
得分 = 核心命中数 × 3 + 辅助命中数 × 1 − 阴性命中数 × 2 + 核心命中比例 × 2（比例项让核心 marker 全中的类型略占优）。同分时组织特异的类型排在通用类型前面。得分只是提示，不是结论：请再用 DotPlot / FeaturePlot 看这些基因在各 cluster 里的表达。
T · pan-T · T cell
CD3DCD3ECD3GCD2TRACTRBC2CD247LCKIL7RKLRF1MS4A1CD14Cd3dCd3eCd3gTracTrbc2Cd247LckCd2Thy1Ncr1Cd79aLyz2区分NK 细胞基本不表达 CD3D/CD3E，用 KLRF1、NCR1 区分；再按 CD4、CD8A/CD8B 分亚群。小鼠 B 细胞也表达 Cd2，所以小鼠核心里没有放 Cd2。
CD4 T · Th · helper T · CD4
CD3ECD3DCD4CD40LGIL7RMALLTBTCF7CCR7ICOSCD8ACD8BCD14Cd3eCd3dCd4Cd40lgIl7rTcf7Ccr7IcosCd28Cd8aCd8b1区分CD4 的 mRNA 在单细胞里检出率不高，常要靠 CD3E⁺、CD8A/CD8B⁻ 来判断；人的单核/巨噬也表达 CD4，CD14、LYZ 同时高就不是 T。
Tn · naive · naive T · TN
CCR7SELLTCF7LEF1CD3EIL7RCD27CD28MALGZMKCCL5NKG7MS4A1Ccr7SellTcf7Lef1Cd3eIl7rSatb1Cd27Cd28GzmkCcl5Nkg7Cd79a区分中央记忆 T（TCM）也表达 CCR7、SELL，但 LEF1 较低、IL7R 更高；B 细胞也表达 CCR7、SELL，要先确认 CD3E⁺。再看 CD4 或 CD8A/CD8B 区分 CD4/CD8 初始 T。
CD8 T · CTL · Tc · cytotoxic T · CD8
CD3ECD3DCD8ACD8BGZMKCCL5NKG7GZMACST7GZMHPRF1CD4CD40LGKLRF1Cd3eCd3dCd8aCd8b1GzmkCcl5Nkg7GzmaGzmbCxcr3Cd4Cd40lgNcr1人 CD8B 在小鼠叫 Cd8b1。
区分NK 和部分 γδ T 也表达 CD8A（CD8αα），CD8B 更特异；与 NK 的区别看 CD3E 和 KLRF1/NCR1。初始 CD8 T 见「初始 T 细胞」，耗竭 CD8 T 见肿瘤微环境。
Treg · Tregs · regulatory T
FOXP3IL2RACTLA4IKZF2CD4TIGITTNFRSF4TNFRSF18RTKN2BATFCD8ACD8BFoxp3Il2raCtla4Ikzf2Cd4Tnfrsf4Tnfrsf18Izumo1rNrp1TigitCd8aCd8b1小鼠 FR4（叶酸受体 4）的现行基因名是 Izumo1r。
区分活化的常规 CD4 T 也会上调 IL2RA、CTLA4，FOXP3 才是关键；FOXP3 转录本检出率不高，cluster 里只有一部分细胞检到是正常的。
Tfh · TFH · Tph · follicular helper
CXCR5PDCD1CXCL13ICOSTOX2CD4BCL6MAFSH2D1AIL21CD200FOXP3CCR7Cxcr5Pdcd1Bcl6IcosIl21Cd4Tox2MafSh2d1aCd200Foxp3Ccr7小鼠 Tfh 基本不产生 Cxcl13（这是人 Tfh 的特点），不作 marker。
区分人组织中还有 PD-1 高、CXCR5 阴性的外周辅助 T（Tph），同样 CXCL13 高；肿瘤里的耗竭 CD8 T 也表达 CXCL13，先看 CD4/CD8。滤泡调节性 T（Tfr）同时 FOXP3⁺。
Th17 · TH17 · IL-17
RORCIL17AIL23RCCR6IL17FKLRB1IL22CTSHRORACD4FOXP3CD8BTRDCRorcIl17aIl23rCcr6Il17fIl22Il1r1Tmem176aTmem176bCd4Foxp3Cd8b1Trdc区分RORC/IL17A 也见于 γδT17、MAIT、ILC3：Th17 是 CD4⁺、TRDC⁻（人还应 TRAV1-2⁻）；ILC3 不表达 CD3。
gdT · γδT · γδ T · gamma delta · Tgd · Vd2 · Vδ2 · Vd1 · Vδ1
TRDCTRGC1TRGC2TRDV1TRDV2TRGV9CD3ENKG7KLRD1CD4CD8BTrdcTrgc1Trgc2Trgc4Trdv4Scart1Sox13BlkRorcCd3eCd4Cd8b1小鼠 TCRγ 恒定区现行基因名是 Trgc1/Trgc2/Trgc4（旧名 Tcrg-C1 等）。IL-17 型 γδT（γδT17）另表达 Scart1（旧名 Cd163l1）、Sox13、Blk、Rorc。
区分人外周血以 Vδ2Vγ9（TRDV2/TRGV9）为主，组织中 Vδ1（TRDV1）多。TCR 基因检出率不高时可结合 VDJ 测序。
MAIT · mucosal-associated invariant T
TRAV1-2SLC4A10KLRB1ZBTB16IL7RGZMKCXCR6NCR3RORCIL23RIL18R1PRSS35TRDCCCR7缺少特异 marker，下面只是能用的组合（见说明）
Trav1Zbtb16RorcIl18r1Il7rIl23rCcr6Cxcr6Il17aTrdc常用 SPF C57BL/6 小鼠中 MAIT 极少，单细胞里一般不会单独成群；这几个基因与 γδT17、iNKT 重叠，确认需要 MR1 四聚体。
区分KLRB1（CD161）和 RORC 在 Th17、γδT 中也有；TRAV1-2 + SLC4A10 组合最有用。
NK · natural killer · CD56dim · CD56bright
KLRF1NCR1NCAM1KLRD1GNLYNKG7PRF1GZMBFCGR3ASPON2FGFBP2TYROBPXCL1CD3DCD3ENcr1Klrb1cGzmaKlrd1EomesNkg7Prf1Klra4Klra7Klra8Klrk1Itga2Fcer1gCd3dCd3e小鼠没有 GNLY 直系同源。Ly49 家族（Klra*）各品系不同，C57BL/6 常见 Klra8（Ly49H）。小鼠 NK 的 CD16 是 Fcgr3（人 FCGR3A 的序列同源基因 Fcgr4 主要在单核/巨噬上）。
区分与 CD8 T 共享 NKG7、GZMB、PRF1，区分靠 CD3D/CD3E 阴性和 KLRF1/NCR1。人 CD56bright NK：NCAM1、XCL1、GZMK、SELL 高，FCGR3A 低；CD56dim NK：FCGR3A、FGFBP2、SPON2 高。小鼠 ILC1 也表达 Ncr1，但 Eomes 低。
ILC2 · ILC · innate lymphoid
PTGDR2IL1RL1GATA3HPGDSIL7RKLRB1KLRG1IL17RBAREGIL13IL5CD3DCD3ETPSAB1Gata3Il1rl1Klrg1Il17rbIl7rAregIl13Il5Arg1RoraCd3dCd3e区分ILC 不表达 CD3 和 B / 髓系 marker；ILC2 与 Th2 共享 GATA3、IL13，Th2 是 CD3⁺CD4⁺。人 HPGDS 在肥大细胞也高，要用 TPSAB1 排除。
ILC3 · LTi · NCR+ ILC3
RORCKITIL23RIL1R1NCR2IL22AHRIL7RLTBCCR6CD3DCD3ERorcIl22Il23rIl7rNcr1Ccr6KitIl17aAhrCd3dCd3e人 NCR2（NKp44）在小鼠没有直系同源；小鼠 NCR⁺ ILC3 用 Ncr1，LTi 样细胞用 Ccr6。
区分Th17、γδT17 同样 RORC/IL23R⁺，ILC3 不表达 CD3；主要见于肠道、扁桃体等黏膜组织。
B · naive B · memory B · B cell
MS4A1CD79ACD79BCD19PAX5BANK1CD22TCL1AIGHDIGHMFCER2CR2CD3EJCHAINLYZCd79aCd79bCd19Ms4a1Pax5Ebf1IghdFcer2aCr2Bank1Cd22H2-Ab1Cd3eJchain人 FCER2（CD23）在小鼠是 Fcer2a。
区分初始 B：IGHD、TCL1A、FCER2 高；记忆 B：CD27 及类别转换后的 IGHG/IGHA；浆细胞下调 MS4A1、CD19，转为 JCHAIN、MZB1、SDC1 高。
GC B · GCB · germinal center
RGS13AICDAMEF2BLMO2BCL6GCSAMELL3S1PR2SERPINA9MKI67MS4A1FCER2IGHDCCR7AicdaS1pr2Rgs13Mef2bBcl6GcsamFasMki67Cd79aMs4a1Fcer2aIghdCcr7区分见于淋巴结、脾、扁桃体和三级淋巴结构；暗区 B 增殖基因高（MKI67、AICDA），明区 CD83 偏高。
plasma · plasmablast · ASC · PB
JCHAINMZB1TNFRSF17SDC1PRDM1XBP1DERL3CD38FKBP11TXNDC5IGHG1IGHA1IGKCMS4A1LILRA4JchainMzb1Sdc1Prdm1Tnfrsf17Xbp1Derl3Fkbp11Txndc5IgkcIghaIghg1Ms4a1Siglech区分Ig 基因（IGKC、IGHG1 等）量极大，常作为环境 RNA 污染其他 cluster，不能单凭 Ig 判浆细胞；人 pDC 也表达 JCHAIN、MZB1，要看 LILRA4/IL3RA 排除。增殖的浆母细胞同时 MKI67⁺。
CD14 Mono · cMo · classical monocyte · Ly6Chi · Ly6C high · inflammatory monocyte · Mono
CD14LYZS100A8S100A9VCANFCN1S100A12MNDACD36CSF1RFCGR3AC1QACD3ELy6c2Ccr2Lyz2Plac8Ms4a4cF13a1Chil3S100a4Csf1rSellAceTreml4C1qa人 LYZ 在小鼠对应 Lyz2（Lyz1 主要在潘氏细胞）；小鼠一般用 Ly6c2、Ccr2 而不是 Cd14 来认经典单核。Ly6C 蛋白由 Ly6c1、Ly6c2 两个基因编码，单核里主要是 Ly6c2（Ly6c1 偏内皮和 T 细胞）。
区分与中性粒共享 S100A8/S100A9：中性粒 FCGR3B、CSF3R、CXCR2 高，单核 CD14、LYZ、HLA-DR 高。进入组织后逐渐转为巨噬（C1QA/B/C 上升）。
CD16 Mono · ncMo · non-classical monocyte · Ly6Clo · Ly6C low · patrolling monocyte
FCGR3ACDKN1CMS4A7HES4LST1RHOCCX3CR1SIGLEC10IFITM2CD14S100A8NKG7AceTreml4Fcgr4Adgre4Nr4a1Cd300eCx3cr1ItgalSpnLy6c2Ccr2人 FCGR3A 在小鼠的同源基因是 Fcgr4，表达在非经典单核和部分巨噬上。Nr4a1 是非经典单核发育所需的转录因子，但也是即刻早期 / 解离应激基因，所以只作辅助。
区分NK 细胞也是 FCGR3A⁺：非经典单核同时 LST1、MS4A7、CDKN1C 高，NKG7、GNLY 低。
cDC1 · DC1 · CD141 DC · BDCA3 · XCR1 DC · CD8a DC · CD103 DC · DC
CLEC9AXCR1CADM1IDO1IRF8BATF3WDFY4DNASE1L3CLNKC1orf54CD1CCLEC10ALILRA4Xcr1Clec9aCadm1Irf8ItgaeWdfy4NaaaTlr3Batf3Cd209aSirpaSiglech区分cDC1 数量少，常和 cDC2 / mregDC 挨在一起；CLEC9A + XCR1 同时高最可靠。
cDC2 · DC2 · CD1c DC · BDCA1 · DC3 · DC
CD1CFCER1ACLEC10ACD1EHLA-DQA1HLA-DRAPKIBCLEC4AIRF4CLEC9AXCR1LILRA4Cd209aClec4a4Irf4Mgl2SirpaItgamClec10aH2-Ab1Xcr1Clec9aSiglech人 CD1C 在小鼠没有直系同源（小鼠只有 CD1d：Cd1d1/Cd1d2）。小鼠 cDC2 常用 Clec4a4（DCIR2，33D1 抗原）、Cd209a、Irf4、Mgl2；Sirpa（CD172a）在单核、巨噬、中性粒上也有，只作辅助。
区分DC3（CD14⁺CD1C⁺）和单核来源 DC 兼有单核特征（CD14、S100A8），容易与单核混淆；cDC2 的标志是 CD1C、FCER1A、CLEC10A。
pDC · plasmacytoid DC · BDCA2 · DC
LILRA4CLEC4CIL3RAPLD4TCF4IRF7GZMBJCHAINSERPINF1ITM2CPTCRAIRF8TNFRSF17CD1CCD14SiglechBst2Ccr9Ly6dTcf4Irf7Irf8Cox6a2Pacsin1Xcr1Cd209a人 pDC 的 LILRA4、CLEC4C 在小鼠没有直系同源；小鼠用 Siglech、Bst2（PDCA-1）、Ccr9、Ly6d。注意 Siglech 在小胶质细胞也高，Bst2 受干扰素诱导、很多细胞都会上调。
区分人 pDC 也表达 JCHAIN、MZB1、GZMB，别误判为浆细胞或细胞毒 T；pDC 不表达 TNFRSF17、SDC1。
mregDC · LAMP3 DC · CCR7 DC · mature DC · DC
LAMP3CCR7FSCN1CCL19CCL22CD274IDO1CD83BIRC3IL4I1CCL17MARCKSL1Ccr7Fscn1Ccl22Il4i1Cacnb3Cd274Cd200Socs2Ccl17Cd40Cd83区分由 cDC1 或 cDC2 活化而来，可能同时带一点 CLEC9A 或 CD1C；肿瘤和淋巴结中常见。
Mac · Mφ · macrophage · TRM
C1QAC1QBC1QCCD163CD68MRC1APOEMS4A7MAFSELENOPFOLR2LYVE1CSF1RFCN1S100A8CD3EC1qaC1qbC1qcAdgre1Cd68Mrc1Fcgr1MertkCsf1rApoeMs4a7Lyve1Folr2Ly6c2S100a8小鼠 F4/80 的基因是 Adgre1。
区分组织驻留巨噬有组织特异的 marker（肝 Kupffer、肺泡巨噬、小胶质细胞等），见各组织小节；单核来源的巨噬保留 FCN1、S100A8 或 CCR2 等单核特征。
Neu · PMN · neutrophil · granulocyte
FCGR3BCSF3RCXCR2CMTM2S100A8S100A9S100A12MNDAG0S2PROK2FPR1CD14HLA-DRACD3ERetnlgS100a8S100a9Cxcr2Csf3rLy6gMmp8Mmp9Il1bClec4dWfdc21H2-Ab1Csf1r小鼠 Ly6g 的 mRNA 检出不稳定，用 S100a8/S100a9、Retnlg 更可靠。
区分中性粒细胞 RNA 含量低，常被按基因数过滤掉，10x 数据里可能只剩很少一群；前体（MPO、ELANE、LTF、CAMP）见骨髓造血。
Mast · MC · mast cell
TPSAB1TPSB2CPA3KITMS4A2HDCGATA2HPGDSCMA1CTSGIL1RL1SIGLEC6CLCCD3ECpa3Cma1Mcpt4Tpsb2KitFcer1aMs4a2HdcGata2Mcpt1Mcpt2Mcpt8Prss34小鼠结缔组织型肥大细胞 Cma1、Mcpt4、Tpsb2 高；肠道黏膜型以 Mcpt1、Mcpt2 为主。
区分嗜碱性粒细胞也表达 HDC、MS4A2、CPA3，但 KIT、TPSAB1 低，CLC 高（小鼠 Mcpt8、Prss34 高）。
Baso · basophil
CLCHDCGATA2CCR3MS4A2CPA3FCER1AIL3RAENPP3KITTPSB2Mcpt8Prss34Cd200r3Fcer1aHdcGata2Il4Ms4a2KitCma1区分数量少，常混在肥大细胞或嗜酸性粒细胞旁边；人嗜酸性粒细胞同样 CLC、CCR3 高，但不表达 HDC。
Eos · eosinophil
CLCSIGLEC8IL5RACCR3EPXPRG2RNASE2RNASE3ADGRE1ALOX15HDCKITSiglecfCcr3Il5raPrg2EpxEar1Ear2Alox15CebpeMarcoC1qa小鼠肺泡巨噬也是 Siglecf⁺，用 Marco、C1qa 等巨噬基因排除。颗粒蛋白 Prg2、Epx 在骨髓的未成熟嗜酸里高，成熟的组织嗜酸里常偏低，所以只作辅助。
区分RNA 含量低、易降解，常规单细胞里经常检不到或只剩少数细胞。
Mk · MK · platelet · PLT · megakaryocyte
PPBPPF4GP9ITGA2BTUBB1GP1BANRGNCAVIN2TREML1CLUPpbpPf4Gp9Itga2bTubb1Gp1bbGp5Treml1Clec1b小鼠部分组织巨噬（如脑边界巨噬、肺间质巨噬）也表达 Pf4。
区分PBMC 里常见一小群血小板，或血小板黏附单核形成的「双细胞」（同时 CD14 和 PPBP 高）。
RBC · erythrocyte · red blood cell
HBBHBA1HBA2HBDALAS2CA1SLC4A1AHSPGYPAHba-a1Hba-a2Hbb-bsHbb-btAlas2Car2SncaBpgmSlc4a1区分血红蛋白基因常作为环境 RNA 出现在每个 cluster；真正的红细胞 cluster 除血红蛋白外几乎没有别的基因。幼红细胞见骨髓造血。
Fib · FB · fibroblast
DCNLUMCOL1A1COL1A2PDGFRACOL3A1FBLN1MFAP5PI16CFDSERPINF1MYH11KCNJ8PECAM1DcnLumCol1a1Col1a2PdgfraCol3a1Fbln1Mfap5Pi16CfdGsnMyh11Kcnj8Pecam1区分平滑肌和周细胞也表达胶原；成纤维 PDGFRA、DCN、LUM 高，平滑肌 MYH11、DES 高，周细胞 RGS5、KCNJ8 高。PI16⁺ 成纤维是跨组织共有的「通用」亚群（Buechler 2021）。
SMC · VSMC · vSMC · smooth muscle
MYH11ACTA2CNN1DESTAGLNMYL9ACTG2LMOD1SYNPO2MYOCDKCNJ8PDGFRAMyh11Acta2Cnn1DesTaglnMyl9Actg2Lmod1Synpo2MyocdKcnj8Pdgfra区分ACTG2 偏内脏平滑肌（肠、膀胱、子宫）；肌成纤维细胞 ACTA2 高但 MYH11、DES 低。睾丸管周肌样细胞也按这一条判断。
pericyte · mural cell
RGS5PDGFRBKCNJ8ABCC9HIGD1BNOTCH3CSPG4MCAMCOX4I2NDUFA4L2MYH11PDGFRARgs5PdgfrbKcnj8Abcc9Higd1bNotch3Cspg4McamVtnCox4i2Ndufa4l2Myh11Pdgfra区分周细胞与平滑肌是连续谱：周细胞 KCNJ8、ABCC9、HIGD1B 高，MYH11、DES 低；小鼠脑周细胞另有 Vtn。
EC · BEC · endothelial · endothelium
PECAM1VWFCDH5CLDN5EMCNFLT1KDRRAMP2EGFL7ENGTIE1ERGPROX1PTPRCPecam1Cdh5Cldn5EmcnKdrFlt1Ramp2Egfl7EngTie1ErgVwfProx1Ptprc区分淋巴管内皮也表达 PECAM1、CDH5，要看 PROX1、CCL21；血细胞黏附内皮会形成双细胞。动脉、静脉、毛细血管见下面三条。
aEC · artery · arterial EC
GJA5SEMA3GHEY1EFNB2BMXDKK2GJA4FBLN5PECAM1CDH5ACKR1NR2F2Gja5Sema3gHey1Efnb2BmxGja4Fbln5MecomPecam1Cdh5Ackr1Nr2f2vEC · vein · venous EC · venule
ACKR1NR2F2SELPSELEVCAM1VWFEPHB4PECAM1CDH5GJA5SEMA3GAckr1Nr2f2SelpVwfSeleVcam1Ephb4Pecam1Cdh5Gja5Sema3g区分炎症会让 SELE、SELP、VCAM1 在其他内皮上调；ACKR1 最能代表毛细血管后微静脉。
capEC · capillary · cEC
CA4RGCCCD300LGCD36KDRFABP4PLVAPSPARCPECAM1CDH5GJA5ACKR1Car4RgccCd300lgCd36KdrFabp4PlvapPecam1Cdh5Gja5Ackr1区分毛细血管内皮在各器官差异很大（肺见 aCap/gCap，肝见肝窦内皮，脑见血脑屏障内皮），通用 marker 只适合粗分。CD36 在单核 / 巨噬、脂肪细胞也高，只作辅助。
LEC · lymphatic
PROX1CCL21LYVE1PDPNTFF3FLT4MMRN1RELNPECAM1CDH5C1QACD68Prox1Ccl21aLyve1PdpnMmrn1Flt4RelnTbx1Pecam1Cdh5C1qaCd68人 CCL21 在小鼠有多个拷贝，基因注释里常用的是 Ccl21a。
区分LYVE1 也在部分巨噬和肝窦内皮表达，PDPN 也在成纤维网状细胞和间皮表达；PROX1 最可靠，但转录本较低。
Meso · mesothelium · mesothelial
MSLNUPK3BCALB2WT1KRT19ITLN1LRRN4KRT8KRT18BNC1EPCAMMslnUpk3bLrrn4Wt1Krt19Calb2Krt8Krt18Bnc1Upk1bEpcam区分覆盖胸膜、腹膜和心外膜（心外膜细胞同样 WT1、UPK3B⁺）；与上皮的区别是 EPCAM 低、同时有 WT1。
adipocyte · fat cell · ADI
ADIPOQPLIN1PLIN4LEPCIDEACIDECLPLPPARGFABP4GPAMAdipoqPlin1CidecLepPlin4LplPpargFabp4Car3Retn棕色 / 米色脂肪另有 Ucp1。
区分成熟脂肪细胞大且易破，常规单细胞几乎拿不到，多见于单细胞核测序（snRNA-seq）。
Schwann · SC · peripheral glia
MPZS100BSOX10PLP1CDH19NGFRPMP22GFRA3L1CAMMBPPRXPMELMLANAMpzS100bSox10Plp1Cdh19NgfrPmp22Gfra3L1camMbpPrxPmelMlana区分黑色素细胞也表达 SOX10、S100B，要看 PMEL、MLANA 排除；有髓鞘施万 MPZ、PRX、MBP 高，无髓鞘施万 NGFR、L1CAM 高。
AT1 · ATI · AEC1 · type I pneumocyte
AGERRTKN2CLIC5EMP2HOPXCAV1PDPNSPOCK2GPRC5ASFTPCLAMP3AgerRtkn2Akap5HopxClic5PdpnCav1Emp2Spock2Gprc5aSftpcLamp3区分损伤修复时会出现 KRT8 高、介于 AT2 与 AT1 之间的过渡态细胞（小鼠文献称 ADI / DATP / PATS）。
AT2 · ATII · AEC2 · type II pneumocyte
SFTPCSFTPA1SFTPA2NAPSALAMP3SFTPBSFTPDABCA3LPCAT1SLC34A2PGCAGERSCGB1A1SftpcSftpa1NapsaLamp3Abca3SftpbSftpdLyz1Lyz2Slc34a2Lpcat1Etv5AgerScgb1a1小鼠 AT2 高表达 Lyz1/Lyz2，别因此判成巨噬。
区分SFTPC 极高，常以环境 RNA 出现在其他 cluster；小鼠支气管肺泡干细胞（BASC）同时 Sftpc⁺、Scgb1a1⁺。
Club · Clara · secretory
SCGB1A1SCGB3A1SCGB3A2CYP2F1BPIFA1MSMBWFDC2SLPIFOXJ1Scgb1a1Scgb3a2Cyp2f2Cbr2Scgb3a1Bpifa1Cyp4b1Foxj1区分分泌细胞从 club 到杯状细胞是连续的：MUC5AC、MUC5B 越高越偏杯状。
ciliated · multiciliated · cilia
FOXJ1CAPSTPPP3DYNLRB2RSPH1CIMAP3TMEM190CCDC78SNTNCDHR3DNAH5Foxj1Ccdc153Tppp3Dynlrb2Rsph1Cimap3Cdhr3Dnah5SntnTmem212区分气道、输卵管、脑室室管膜都有多纤毛细胞，基因相似；见脑「室管膜细胞」。PIFO 的现行基因名是 CIMAP3。
basal · airway basal
KRT5TP63KRT15KRT17S100A2KRT14BCAMSCGB1A1FOXJ1Krt5Trp63Krt15Krt17Krt14NgfrAqp3Scgb1a1Foxj1人 TP63 在小鼠叫 Trp63；小鼠基底细胞只分布在气管和主支气管，远端气道几乎没有。
区分皮肤、乳腺、前列腺的基底细胞同样 KRT5/TP63⁺，组织来源要看其他 marker。
goblet · mucous · airway goblet
MUC5ACMUC5BBPIFB1TFF1TFF3SPDEFAGR2SCGB1A1FOXJ1Muc5acMuc5bAgr2SpdefTff2Bpifb1Clca1Foxj1小鼠气道在稳态下杯状细胞很少，过敏 / IL-13 刺激后 Muc5ac 才明显上调。
PNEC · NE · neuroendocrine
CHGACALCAASCL1GRPSCG5SCG2PCSK1NSYPCHGBCalcaChgaAscl1Scg5ChgbResp18Pcsk1nSypScg2ionocyte
FOXI1CFTRASCL3ATP6V1G3BSNDFoxi1CftrAscl3Atp6v1g3Bsnd区分数量极少；FOXI1 也见于肾闰细胞。
AM · AMs · alveolar macrophage
MARCOFABP4INHBAPPARGMSR1MCEMP1APOC1CD68MRC1GPNMBFCN1LYVE1SiglecfCar4Krt79ItgaxChil3Ear2Ear1PpargMarcoMrc1Lyve1Ly6c2小鼠 Siglecf、Ear2 在嗜酸性粒细胞也高，用 Car4、Krt79、Itgax 区分（嗜酸性粒细胞 Ccr3、Il5ra 高，不表达 Car4、Krt79）。
IM · IMs · interstitial macrophage
LYVE1F13A1FOLR2CD163C1QAC1QBMRC1SELENOPSTAB1MARCOFABP4C1qaMrc1Lyve1Folr2C1qbCx3cr1Cd163Pf4H2-Ab1SiglecfCar4区分肺巨噬分肺泡与间质两类；间质巨噬又分 LYVE1 高、MHC-II 低和 LYVE1 低、MHC-II 高两个亚群（Chakarov 2019）。
aCap · aerocyte · CAP2
APLNEDNRBHPGDCA4TBX2SOSTDC1KDRCDH5PECAM1APLNRFCN3Car4AplnEdnrbTbx2KdrCdh5Pecam1AplnrGpihbp1区分肺毛细血管内皮分 aCap 与 gCap 两类（Gillich 2020）：aCap 负责气体交换，gCap 有干/祖细胞样特征。
gCap · CAP1 · general capillary
FCN3APLNRIL7RGPIHBP1PLVAPKDRCDH5PECAM1APLNEDNRBHPGDGpihbp1AplnrPlvapIl7rKitCdh5Pecam1AplnCar4EdnrbAF · alveolar fibroblast · lipofibroblast
NPNTITGA8FGFR4SCN7AGPC3LIMCH1SLIT2COL1A1PDGFRAPI16SFRP2NpntInmtCes1dTcf21Itga8Fgfr4Plin2Col13a1PdgfraPi16Serpinf1adventitial fibroblast
PI16SFRP2SERPINF1MFAP5DPTCD34SCARA5PDGFRACOL1A1NPNTFGFR4Pi16Serpinf1DptMfap5Cd34Scara5PdgfraCol1a1NpntInmt区分与跨组织的 PI16⁺ 通用成纤维相同，分布在血管和气道周围。
Hep · hepatocyte · PH
ALBAPOA1SERPINA1TTRHPTFAPOC3APOHFGBFGACYP3A4AHSGKRT19KRT7AlbApoa1TtrSerpina1aApoc3TrfApohFgbFgaAhsgHpKrt19Krt7小鼠 α1-抗胰蛋白酶有 Serpina1a–e 多个拷贝；转铁蛋白在小鼠叫 Trf。
zone 3 · pericentral · central hepatocyte · PC hepatocyte
CYP2E1GLULCYP1A2OATCYP3A4RHBGALBHALSDSGlulCyp2e1OatCyp1a2RhbgLect2Axin2Slc1a2AlbCyp2f2HalSds区分肝细胞沿门静脉→中央静脉连续分区，中间带（2 区）兼有两边特征。
zone 1 · periportal · portal hepatocyte · PP hepatocyte
HALSDSCPS1ASS1PCK1HAMPARG1ALBCYP2E1GLULCyp2f2HalSdsPck1Cps1Ass1HampAlbGlulCyp2e1区分分区基因在人和小鼠不完全一致，如小鼠 Cyp2f2 是典型的门静脉周 marker。
cholangiocyte · biliary epithelial · BEC · bile duct
KRT19KRT7EPCAMSOX9CFTRSPP1ANXA4TACSTD2ONECUT1HNF1BALBAPOA1Krt19Krt7EpcamSox9Spp1CftrHnf1bCluAlbApoa1KC · Kupffer
CD5LVSIG4MARCOTIMD4C1QACD163SLC40A1HMOX1FOLR2FCN1S100A8Clec4fVsig4Cd5lTimd4C1qaMarcoSlc40a1Hmox1Folr2Cd163Adgre1Ly6c2Ccr2Clec4f 是小鼠 Kupffer 细胞最经典的 marker；人一般用 CD5L、VSIG4、MARCO、TIMD4。
区分肝里还有单核来源巨噬（FCN1、S100A8 或 CCR2 高）和脂质相关巨噬（TREM2、GPNMB、SPP1，常见于脂肪肝 / 纤维化）。
LSEC · LSECs · sinusoidal endothelial
CLEC4GCLEC4MSTAB2CRHBPFCN2FCN3OIT3DNASE1L3LYVE1STAB1VWFStab2Clec4gOit3Dnase1l3KdrLyve1Fcgr2bStab1Mrc1Bmp2Vwf人 CLEC4M（L-SIGN）在小鼠没有一一对应的直系同源基因。
区分门静脉、中央静脉的大血管内皮 VWF 高，肝窦内皮 VWF 低。
HSC · HSCs · stellate · Ito cell
RELNLRATCOLEC11HGFDCNPDGFRBRGS5NGFRECM1MYH11LratRelnColec11HgfDcnDesPdgfrbRgs5NgfrEcm1Myh11区分活化（纤维化）后 COL1A1、ACTA2、TIMP1、LUM 上调，LRAT、RELN 下降，变成肌成纤维样。注意缩写 HSC 也指造血干细胞（见骨髓造血）。
POD · podocyte
NPHS1NPHS2PODXLPTPROWT1CLIC5SYNPOMAFBPLA2R1LRP2Nphs1Nphs2PodxlPtproWt1Clic5SynpoMafbLrp2PT · PTC · proximal tubule · S1 · S2 · S3
LRP2CUBNSLC34A1SLC5A12ALDOBHNF4ASLC22A6SLC22A8GATMMIOXUMODAQP2Lrp2Slc34a1Slc5a12CubnAldobHnf4aSlc22a6KapMioxGatmSlc5a2Slc7a13UmodAqp2小鼠 S1/S2 段 Slc5a2 高，S3 段 Slc7a13 高；Kap 在雄鼠中高。
区分近端小管数量最多，也最容易受解离损伤；损伤 / 修复不良状态 HAVCR1（KIM-1）、VCAM1 上调，LRP2、SLC34A1 下降。
TAL · LOH · loop of Henle · mTAL · cTAL
UMODSLC12A1CLDN16CASREGFKCNJ1CLDN10LRP2SLC12A3UmodSlc12a1Cldn16CasrEgfKcnj1Cldn10Ptger3Lrp2Slc12a3DCT · distal tubule
SLC12A3TRPM6CALB1EGFCNNM2SLC8A1UMODAQP2Slc12a3PvalbTrpm6Calb1EgfSlc8a1Cnnm2UmodAqp2区分CALB1 在连接小管（CNT）也高；小鼠 DCT1 段 Pvalb 高。
PC · principal cell · CD-PC · CNT · collecting duct
AQP2SCNN1GFXYD4GATA3AQP3HSD11B2SCNN1BAVPR2CALB1ATP6V1G3FOXI1Aqp2Scnn1gFxyd4Hsd11b2Aqp3Scnn1bAvpr2Gata3Calb1Atp6v1g3Foxi1IC · IC-A · IC-B · intercalated
ATP6V1G3ATP6V0D2FOXI1ATP6V1B1SLC4A1SLC26A4SLC4A9AQP2Atp6v1g3Atp6v0d2Foxi1Atp6v1b1Slc4a1Slc26a4Slc4a9Aqp2区分A 型闰细胞 SLC4A1 高，B 型 SLC26A4 高；FOXI1 也见于气道离子细胞。
MC · mesangial
缺少特异 marker，下面只是能用的组合（见说明）
ITGA8PDGFRBPIEZO2GATA3POSTNDESACTA2MYH11系膜细胞与血管平滑肌、周细胞基因重叠多，没有单个特异基因，需结合组织位置验证。
缺少特异 marker，下面只是能用的组合（见说明）
Itga8PdgfrbGata3DesPiezo2Acta2Ren1Myh11同人；Ren1 高的是球旁（JG）细胞。
ISC · stem cell · CBC · crypt base columnar · Lgr5
LGR5OLFM4ASCL2SMOC2RGMBSOX9EPHB2CD44FABP1MUC2Lgr5Olfm4Ascl2Smoc2RgmbSox9Ephb2Cd44Slc12a2Fabp1Muc2区分与转运扩增（TA）细胞连续：TA 细胞 MKI67、TOP2A 高，LGR5 渐低。人 OLFM4 是很好的隐窝底部标志。
enterocyte · absorptive · SI enterocyte
FABP2APOA4RBP2ALPIAPOBSIFABP1MTTPAPOA1FABP6MUC2LGR5Fabp2Apoa4Rbp2AlpiApobSisFabp1MttpApoa1Fabp6Muc2Lgr5区分十二指肠和回肠基因不同：回肠 FABP6、SLC10A2 高。小鼠蔗糖酶-异麦芽糖酶的基因名是 Sis（人 SI）。
colonocyte · colon epithelium
CA1SLC26A3AQP8CEACAM7CA2GUCA2AGUCA2BCA4SLC26A2KRT20MS4A12FABP2APOA4Car1Slc26a3Aqp8Car4Car2Guca2aGuca2bKrt20Slc26a2Fabp2Apoa4人 CA1/CA2/CA4 在小鼠叫 Car1/Car2/Car4。
BEST4 · BEST4+ enterocyte · OTOP2
BEST4OTOP2CA7SPIBGUCA2BCFTR该物种没有对应条目小鼠基因组中没有 BEST4 直系同源，肠道中也未见对应群体。
区分SPIB 也在 M 细胞和 pDC 表达。
goblet · GC
MUC2TFF3SPDEFFCGBPZG16CLCA1REG4SPINK4AGR2Muc2Tff3Clca1Zg16FcgbpSpdefAgr2Reg4Spink4RetnlbPaneth
DEFA5DEFA6REG3APLA2G2ALYZPRSS2ITLN2Lyz1Defa24Mptx2Ang4Itln1Pnliprp2Defa22Reg3gLyz2人 LYZ 在小鼠潘氏细胞对应 Lyz1（巨噬是 Lyz2）；小鼠 α-防御素（Defa*）有几十个拷贝，与人 DEFA5/DEFA6 不是一一对应。
区分主要在小肠；正常结肠几乎没有（炎症时可出现潘氏细胞化生）。
tuft · brush cell · Dclk1
POU2F3IRAG2SH2D6AVILTRPM5HCKPTGS1IL25DCLK1Dclk1Pou2f3Trpm5Il25AvilSh2d6Irag2Ptgs1Alox5apGnat3区分LRMP 的现行基因名是 IRAG2。气道、胆管也有簇细胞，基因相似。
EEC · EE · enteroendocrine · EC cell · L cell · K cell
CHGACHGBNEUROD1SCGNTPH1PYYGCGGIPCCKSSTChgaChgbNeurod1Tph1PyyGcgGipCckSstScg5区分EC 细胞 TPH1 高，L 细胞 GCG/PYY，K 细胞 GIP，I 细胞 CCK，D 细胞 SST。
M cell · microfold
SPIBGP2CCL20TNFRSF11ASOX8MARCKSL1Gp2SpibSox8Tnfaip2Ccl20Ccl9Marcksl1区分只在派尔集合淋巴结等滤泡相关上皮中，常规肠上皮单细胞里很少。
pit · foveolar · surface mucous
MUC5ACTFF1GKN1GKN2TFF2VSIG1CLDN18MUC6PGCGkn1Gkn2Tff1Muc5acVsig1Cldn18Muc6PgcMNC · neck · mucous neck
MUC6TFF2PGCMUC5ACGKN1ATP4BMuc6Tff2Gkn3PgcMuc5acGkn1Atp4b区分颈黏液细胞到主细胞是连续分化，中间态同时 MUC6 与 PGC/LIPF 高；胃窦腺体的黏液细胞同样 MUC6⁺、TFF2⁺。
chief · zymogenic · peptic
PGA3PGA4LIPFPGCPGA5CHIAMUC5ACATP4BPga5Chia1CblifPgcClpsBhlha15Muc5acAtp4b内因子：人由壁细胞分泌（CBLIF，旧名 GIF），小鼠由主细胞分泌（Cblif）。
区分PGA3/PGA4/PGA5 序列几乎相同，比对时可能互相分走读数。
parietal · oxyntic
ATP4AATP4BCBLIFKCNE2CA2Atp4aAtp4bKcne2Car2区分壁细胞只在胃体 / 胃底，胃窦没有。
EEC · G cell · D cell · ECL · X/A cell
CHGAGASTSSTGHRLCHGBHDCNEUROD1ChgaGastSstGhrlChgbHdcNeurod1区分G 细胞 GAST（胃窦），D 细胞 SST，ECL 细胞 HDC（胃体；注意肥大细胞也 HDC⁺），X/A 细胞 GHRL。
neuron · Neu
RBFOX3SNAP25SYT1STMN2RBFOX1CELF4NEFLSYPAQP4MBPRbfox3Snap25Syt1Stmn2Rbfox1Celf4NeflSypAqp4MbpEx · ExN · excitatory · glutamatergic
SLC17A7SATB2NEUROD6SLC17A6CAMK2ATBR1CUX2RORBFEZF2GAD1GAD2Slc17a7Satb2Neurod6Slc17a6Camk2aTbr1Cux2RorbFezf2Gad1Gad2区分皮层分层：CUX2 偏 2/3 层，RORB 偏 4 层，FEZF2 偏 5 层；皮层下的兴奋性神经元多用 SLC17A6。
In · InN · inhibitory · GABAergic · interneuron
GAD1GAD2SLC32A1SSTPVALBVIPLAMP5ADARB2LHX6SLC17A7SATB2Gad1Gad2Slc32a1SstPvalbVipLamp5Adarb2Lhx6Slc17a7Satb2区分皮层中间神经元按 PVALB、SST、VIP、LAMP5 分主要亚类（MGE 来源 LHX6⁺，CGE 来源 ADARB2⁺）。
Astro · AST · astrocyte
AQP4GFAPSLC1A2SLC1A3ALDH1L1GJA1ALDOCGLULSLC4A4FGFR3PDGFRAMBPAqp4Slc1a3Slc1a2Aldh1l1Gja1GfapAldocGlulSlc4a4Fgfr3Sparcl1PdgfraMbp区分皮层原浆型星形胶质细胞 GFAP 可能不高（白质纤维型和反应性星形胶质细胞高）；AQP4、SLC1A3、ALDH1L1 更普遍。
Oligo · OL · ODC · oligodendrocyte
MBPPLP1MOGMOBPMAGST18CNPOPALINCLDN11ERMNPDGFRACSPG4MbpPlp1MogMobpMagCldn11CnpOpalinErmnSt18PdgfraCspg4区分PLP1、MBP 量大，常作为环境 RNA 出现在其他 cluster；外周的施万细胞也 PLP1/MBP⁺。
OPC · NG2 glia · oligodendrocyte precursor
PDGFRACSPG4VCANPTPRZ1OLIG1OLIG2SOX10BCANGPR17MOGMOBPPdgfraCspg4VcanPtprz1Olig1Olig2Sox10C1ql1BcanGpr17MogMobp区分分化中的过渡态（COP / 新生少突）GPR17 高，小鼠还有 Bmp4、Neu4。
MG · microglia
P2RY12TMEM119CX3CR1SALL1CSF1RC1QAHEXBGPR34OLFML3MRC1LYVE1CD163P2ry12Tmem119Sall1HexbFcrl2Cx3cr1Csf1rC1qaGpr34Olfml3SiglechMrc1Lyve1Cd163小鼠 Fcrls 的现行基因名是 Fcrl2；小鼠小胶质细胞也表达 Siglech（别和 pDC 混）。
区分疾病相关小胶质（DAM）P2RY12、TMEM119 下调，APOE、TREM2、LPL、CST7 上调（Keren-Shaul 2017）；浸润的单核来源巨噬不表达 TMEM119、SALL1。
BAM · PVM · perivascular macrophage · CAM
MRC1LYVE1CD163F13A1SIGLEC1MS4A7STAB1C1QAP2RY12TMEM119Mrc1Pf4Lyve1Cd163Ms4a7F13a1Siglec1Stab1C1qaP2ry12Tmem119Sall1区分位于血管周、脑膜和脉络丛。
BBB · brain EC · brain endothelial
CLDN5FLT1SLC2A1ABCB1MFSD2APECAM1CDH5ESAMPLVAPCldn5Flt1Slc2a1Abcb1aMfsd2aSlco1a4Pecam1Cdh5Ly6c1Itm2aPlvap人 ABCB1 在小鼠有 Abcb1a 和 Abcb1b 两个，血脑屏障主要是 Abcb1a。
区分血脑屏障内皮 PLVAP 低；PLVAP 高的是有孔内皮（脉络丛、室周器）。
ependymal · EPEN
FOXJ1DRC12TMEM212DYNLRB2CAPSRSPH1CIMAP3S100BFoxj1Ccdc153Tmem212Dynlrb2Rarres2Rsph1Cimap3区分人 CCDC153 的现行基因名是 DRC12（小鼠仍为 Ccdc153）。
CP · CPE · choroid plexus
TTRKLCLIC6FOLR1KCNE2OTX2HTR2CAQP1TtrKlClic6Folr1Kcne2Otx2Htr2cAqp1区分TTR 量极大，常污染其他 cluster；TTR 也在肝细胞和胰岛 α 细胞表达。
KC · basal KC · BAS · keratinocyte
KRT5KRT14KRT15COL17A1TP63CXCL14ITGB4DSTKRT1KRT10Krt5Krt14Krt15Col17a1Trp63Itgb4DstCxcl14Krt1Krt10SPN · GRN · spinous · granular · suprabasal · KC
KRT1KRT10KRTDAPDMKNSBSNLORICRINFLGIVLKRT2CALML5KRT15COL17A1Krt1Krt10KrtdapDmknSbsnLoricrinFlgIvlKrt15Col17a1区分兜甲蛋白的现行基因名是 LORICRIN（小鼠 Loricrin），旧名 LOR。
MEL · melanocyte
PMELMLANATYRP1DCTTYRMITFSOX10S100BKITMPZPmelMlanaTyrp1DctTyrMitfSox10KitMpzLC · Langerhans
CD207CD1AS100BHLA-DRAHLA-DQB2CD74EPCAMC1QACD14Cd207EpcamH2-Ab1Cd74H2-AaItgaxC1qa小鼠没有 CD1A（小鼠只有 CD1d 一类）；表皮里 Cd207⁺ 且 Epcam⁺ 的髓系细胞是朗格汉斯细胞，真皮里的 Cd207⁺ cDC1 不表达 Epcam。
HFSC · bulge · hair follicle stem cell
KRT15SOX9LHX2CD200KRT19LGR5KRT5KRT1KRT10Cd34Krt15Sox9Lhx2Lgr5Krt24Nfatc1Krt5Krt1Krt10小鼠隆突干细胞是 Cd34⁺，人的隆突不表达 CD34（人用 CD200、KRT15）。
sweat gland · eccrine · SG
DCDSCGB2A2MUCL1PIPSCGB1D2KRT19KRT7AQP5该物种没有对应条目小鼠只有足垫有汗腺，背部 / 耳部皮肤样本中一般没有；小鼠基因组也没有 DCD 直系同源。
vCM · CM · cardiomyocyte · ventricular
MYL2MYL3MYH7FHL2TNNT2ACTC1TTNRYR2MBNPPBMYL7NPPAMYL4Myl2Myl3Tnnt2Myh6Actc1TtnRyr2MbFhl2NppbMyl7NppaMyl4成年小鼠心室以 Myh6（α-MHC）为主，人心室以 MYH7（β-MHC）为主。
aCM · atrial · cardiomyocyte
NPPAMYL7MYL4SLNMYH6TNNT2ACTC1KCNJ3MYL2MYL3NppaMyl7Myl4SlnMyh6Tnnt2Actc1Kcnj3Myl2Myl3CF · cardiac fibroblast
DCNGSNPDGFRATCF21LUMCOL1A1C7ABCA8SCN7AMYH11KCNJ8Tcf21PdgfraDcnGsnLumCol1a1Col15a1PostnMyh11Kcnj8区分心梗等损伤后活化为 POSTN、ACTA2 高的肌成纤维细胞。
SAN · pacemaker · conduction
HCN4SHOX2TBX3ISL1Hcn4Shox2Tbx3Isl1区分数量极少，常规心脏样本里一般捕获不到，需专门取窦房结。
alpha · α cell · A cell · islet
GCGIRX2ARXTTRCHGAPCSK2GCTM4SF4FEVINSSSTGcgArxIrx2TtrChgaPcsk2GcMafbIrx1Ins1Ins2beta · β cell · B cell islet · islet
INSIAPPMAFANKX6-1PDX1HADHADCYAP1DLK1G6PC2GCGSSTIns1Ins2IappMafaNkx6-1Pdx1G6pc2Slc2a2Ucn3GcgSst小鼠有 Ins1、Ins2 两个胰岛素基因；小鼠 β 细胞 Slc2a2（GLUT2）高，人 β 细胞的 SLC2A2 低。
delta · δ cell · D cell · islet
SSTHHEXRBP4LEPRBCHECHGAINSGCGSstHhexRbp4LeprChgaGhsrIns1Gcgacinar · ACC
PRSS1CPA1CELA3ACTRB1PNLIPCPB1CELCTRB2REG1ASPINK1CPA2KRT19Cpa1Cela3bCtrb1PnlipCpb1CelPrss2Reg1Spink1Cela2aKrt19区分小鼠胰蛋白酶原基因与人不是一一对应（Prss2 等），弹性蛋白酶用 Cela3b。
duct · ductal
KRT19CFTRSOX9KRT7MMP7SPP1SLC4A4CA2PRSS1CPA1Krt19CftrSox9Spp1Krt7Slc4a4Car2Cpa1Cela3bLumHR · HS · mature luminal · ML · LHS
ESR1PGRANKRD30AARFOXA1PRLRTBX3KRT18KRT8KRT14ELF5Esr1PgrPrlrFoxa1ArCited1Krt18Krt8Krt14Elf5人 ANKRD30A 在小鼠没有直系同源。
LP · LumSec · luminal progenitor · alveolar
KITELF5SLPILTFMMP7KRT15PIGRCCL28ALDH1A3ESR1PGRElf5KitAldh1a3Cd14Csn3Krt8Krt18Esr1PgrBMYO · basal · myoepithelial · ME
KRT5KRT14ACTA2OXTRTP63KRT17MYLKMYH11CNN1ESR1KITKrt5Krt14Acta2OxtrTrp63Krt17MylkMyh11Cnn1Esr1KitHSC · HSPC · MPP · LT-HSC · hematopoietic stem cell
CD34CRHBPAVPHLFSPINK2PROM1MECOMMLLT3HOPXMPOGATA1ProcrHlfMecomFgd5Hoxb5KitLy6aMllt3Gata2VwfMpoGata1成年小鼠长期造血干细胞 Cd34 阴性 / 低（人 HSC 是 CD34⁺）；Sca-1 的基因是 Ly6a。
pro-B · pre-B · B progenitor · pre-pro B
VPREB1IGLL1DNTTRAG1CD79ACD79BCD19SOX4EBF1PAX5MS4A1Vpreb1aIgll1DnttRag1Vpreb1bCd79aCd79bCd19Ebf1Pax5Vpreb3Ms4a1小鼠 VpreB1 有 Vpreb1a、Vpreb1b 两个拷贝（旧名 Vpreb1）。
区分pro-B DNTT、VPREB1 高；pre-B 增殖、DNTT 下降；未成熟 B 开始表达 MS4A1。
GMP · promyelocyte · myeloblast
MPOELANEAZU1PRTN3CTSGMS4A3CEBPELYZMKI67LTFCAMPGATA1MpoElanePrtn3CtsgMs4a3CebpeMki67LtfCampGata1myelocyte · metamyelocyte · immature neutrophil
LTFCAMPLCN2MMP8CEACAM8OLFM4CHI3L1S100A8MPOELANELtfCampNgpLcn2Chil3Mmp8S100a8Cd177MpoElane区分早期颗粒蛋白（MPO、ELANE）→ 次级颗粒蛋白（LTF、CAMP、LCN2）→ 成熟中性粒（FCGR3B、CXCR2）依次出现。
MEP · EryP · erythroblast · BFU-E · CFU-E · erythroid
GATA1KLF1CA1TFRCHBBHBA1AHSPALAS2GYPAEPORMPOELANEGata1Klf1Car1TfrcCar2Hba-a1Hbb-bsAlas2GypaEporMpoElaneCAR · LepR · MSC · BMSC · stromal
CXCL12LEPRKITLGVCAM1EBF3FOXC1IL7ANGPT1BGLAPSP7Cxcl12LeprKitlVcam1AdipoqEbf3Foxc1Il7Angpt1LplBglapSp7人 KITLG 在小鼠叫 Kitl。
OB · osteoblast
SP7BGLAPIBSPRUNX2COL1A1SPP1ALPLSPARCDLX5LEPRSp7BglapBglap2IbspRunx2Col1a1Spp1AlplDmp1LeprOC · osteoclast
ACP5CTSKMMP9OCSTAMPDCSTAMPNFATC1ATP6V0D2CALCRAcp5CtskMmp9OcstampDcstampNfatc1Atp6v0d2Calcr区分CTSK、MMP9 也在部分巨噬表达；破骨细胞是多核巨细胞，常规单细胞里很难拿到。
SSC · SPG · undifferentiated spermatogonia · spermatogonial stem cell
UTF1ID4FGFR3PIWIL4ZBTB16SALL4GFRA1DMRT1MAGEA4KITSYCP3Id4Gfra1Zbtb16Utf1Sall4Lin28aNanos2Nanos3Dmrt1KitStra8Sycp3diff SPG · differentiating spermatogonia
KITSTRA8DMRT1MKI67TOP2ASOHLH1UTF1SYCP3KitStra8Dmrt1Mki67Top2aSohlh1Gfra1Sycp3SPC · spermatocyte · pachytene · leptotene · zygotene
SYCP3SYCP1PIWIL1MEIOBSPO11DMC1HORMAD1TEX101PRM1TNP1Sycp3Sycp1Piwil1MeiobSpo11Dmc1Hormad1Tex101Prm1Tnp1RS · round spermatid · spermatid
ACRV1SPACA1TSSK6CRISP2SPAG6SYCP3Acrv1Spaca1Tssk6Crisp2Spag6Sycp3ES · elongating spermatid · spermatid
PRM1PRM2TNP1TNP2ODF1CAPZA3SYCP3Prm1Prm2Tnp1Tnp2Odf1Capza3Sycp3Sertoli · SC
SOX9WT1CLUAMHINHADEFB119GATA4FSHRINSL3DDX4Sox9Wt1AmhRhox8InhaCluGata4FshrCldn11Insl3Ddx4区分成年后 AMH 下降，未成熟（青春期前）支持细胞 AMH 高。
Leydig · LC
INSL3CYP17A1STARCYP11A1HSD3B2LHCGRDLK1HSD17B3SOX9ACTA2Insl3Cyp17a1StarCyp11a1Hsd3b1Hsd3b6LhcgrHsd17b3Sox9Acta23β-HSD 家族在人鼠之间不是一一对应：人睾丸用 HSD3B2，小鼠用 Hsd3b1 / Hsd3b6 等。
myCAF · CAF · myofibroblast
ACTA2TAGLNMYL9POSTNCOL1A1COL1A2TPM2MMP11FAPMYH11KCNJ8Acta2TaglnMyl9PostnCol1a1Col1a2Tpm2FapMyh11Kcnj8区分肿瘤血管周细胞同样 ACTA2、MYL9 高，容易被当成 myCAF：RGS5、KCNJ8、PDGFRB 高、胶原低的群是周细胞。
iCAF · inflammatory CAF · CAF
IL6CXCL12PDGFRAC3CFDHAS1LIFCXCL1CXCL14DPTIl6Cxcl12Ly6c1Has1Cxcl1DptClec3bC3PdgfraLif区分myCAF / iCAF 的划分来自胰腺癌研究（Öhlund 2017，Elyada 2019），其他癌种大体适用。
apCAF · antigen-presenting CAF · CAF
CD74HLA-DRAHLA-DPA1SLPIHLA-DRB1COL1A1DCNPTPRCLYZC1QACd74H2-Ab1H2-AaSaa3SlpiH2-Eb1Col1a1MslnPtprcLyz2C1qa人 HLA-DR 在小鼠对应 H2-Ab1 / H2-Aa / H2-Eb1。
区分数量少，务必排除与巨噬 / DC 的双细胞（PTPRC、LYZ、C1QA 不应高）。
mCAF · matrix CAF · COL11A1 CAF · ECM-CAF · CAF
COL11A1COMPMMP11FAPCTHRC1POSTNCOL10A1SULF1INHBACOL1A1Col11a1FapCthrc1CompPostnSulf1InhbaCol1a1区分与 myCAF 部分重叠；正常组织的成纤维细胞几乎不表达 COL11A1。
TAM · SPP1 TAM · SPP1+ macrophage
SPP1FN1GPNMBAPOC1APOETREM2CD68CTSBVEGFAFCN1S100A8Spp1Arg1GpnmbFn1ApoeTrem2Cd68CtsbVegfaMmp12Ly6c2S100a8区分SPP1⁺ 与 C1QC⁺ 是跨癌种常见的两类 TAM（Zhang 2020），多数肿瘤中二者并存且有过渡。
TAM · C1QC TAM · C1Q TAM
C1QCC1QAC1QBSELENOPAPOECD74HLA-DRAFOLR2TREM2MRC1SPP1FCN1C1qaC1qbC1qcSelenopApoeCd74H2-Ab1Folr2Mrc1Spp1Ly6c2Tex · exhausted · dysfunctional · terminally exhausted
PDCD1HAVCR2LAG3TOXCXCL13ENTPD1LAYNCTLA4TIGITCD8AGZMBTCF7IL7RPdcd1Havcr2Lag3ToxEntpd1TigitCtla4Cd8aGzmbCd244aTcf7Il7r区分这里指终末耗竭；其前体（Tpex）TCF7、SLAMF6 高、HAVCR2 低。活化 T 也会短暂上调 PDCD1，单看 PDCD1 不够。
Tpex · progenitor exhausted · stem-like
TCF7PDCD1SLAMF6TOXGZMKCD8ACXCR5IL7RHAVCR2ENTPD1Tcf7Pdcd1Slamf6ToxCxcr5Xcl1Id3Cd8aHavcr2Entpd1ti-Treg · tumor Treg · CCR8 Treg · Treg
FOXP3CCR8TNFRSF9TNFRSF4IL2RACTLA4IKZF2TNFRSF18LAYNBATFCD8AFoxp3Ccr8Tnfrsf9Tnfrsf4Il2raCtla4Ikzf2Tnfrsf18BatfCd8a区分与外周血 Treg 相比 CCR8、TNFRSF9、TNFRSF4 明显更高。
tip cell · TEC · angiogenic EC
ESM1ANGPT2APLNPGFKDRCOL4A1COL4A2PECAM1CDH5Esm1Angpt2AplnPgfKdrCol4a1Col4a2Pecam1Cdh5区分小鼠肺 aCap 也表达 Apln，肺肿瘤中要结合位置判断。
cycling · proliferating · proliferation · S phase · G2M
MKI67TOP2ACENPFNUSAP1STMN1TYMSUBE2CBIRC5CDK1PCLAFMki67Top2aCenpfNusap1Stmn1TymsUbe2cBirc5Cdk1Pclaf区分先用其他 marker 确定类型（增殖的 T、B、上皮等），或对细胞周期评分做回归后再聚类。
stress · dissociation · IEG · heat shock
FOSJUNHSPA1AHSPA1BFOSBJUNBEGR1ATF3IER2DUSP1FosJunHspa1aHspa1bFosbJunbEgr1Atf3Ier2Dusp1区分组织解离（尤其 37 °C 酶解）会诱导即刻早期基因和热休克蛋白（van den Brink 2017）；只靠这些基因分出来的 cluster 通常是技术伪影。
low quality · mito · mitochondrial · dying
MT-CO1MT-ND1MT-CYBMT-ATP6MT-CO2MT-CO3MT-ND2MT-ND4mt-Co1mt-Nd1mt-Cytbmt-Atp6mt-Co2mt-Co3mt-Nd2mt-Nd4区分通常是破损或濒死细胞，应在质控时按线粒体比例过滤；心、肾等代谢旺盛的组织本来就偏高，阈值要按组织定。