GEO 数据集搜索(单细胞 / 转录组)
用一句话描述你要的数据,如「人 肝脏 单细胞」或 human liver single cell RNA-seq,列出 GEO 里匹配的 GSE:标题、物种、样本数、发表时间、是否单细胞。
1. 描述你要的数据
2. 候选数据集
严格匹配的结果较少,已放宽为「任一关键词命中」,排在后面的可能不太相关。
查看发给 NCBI 的检索式
- 数据来自 NCBI GEO,通过 NCBI 公开的 E-utilities 接口实时检索。这里只列出候选,不下载任何数据。
- 怎么理解你的描述:认出物种(human、小鼠…)就限定物种;认出「单细胞 / scRNA-seq / snRNA-seq」就要求写了单细胞;提到 RNA-seq、转录组就限定为测序表达谱;其余词当关键词,同义词(如 tumor / cancer / carcinoma)一起搜。
- “单细胞”标记的依据是标题或摘要里写了 single cell、single nucleus、scRNA-seq、10x Genomics 等字样;没写的不一定不是单细胞,请打开 GEO 页面确认。
- 相关度:关键词出现在标题里比只出现在摘要里分高;要单细胞时,没写单细胞的明显降分。NCBI 自带的排序不太可靠,所以这里重新排了。
- 样本数是 GEO 登记的样本(GSM)数;单细胞数据一个样本通常含成千上万个细胞。SuperSeries 是多个子数据集的合集,样本数为合计。
- 想限定年份,直接写进描述:「2018-2020」「2020年以后」「since 2021」都可以;匹配很多时,不写年份只能取到最近公开的那部分。
- 为了不给 NCBI 添负担,请求排队发送(每秒不超过 3 次),一次搜索要几秒;在本页重复搜同样的内容不会再次请求。