在线热图绘制(聚类热图)

粘贴基因表达矩阵,按行 z-score 标准化并做层次聚类,画出带树状图和样本分组色条的热图,导出 SVG / PNG。

所有计算都在你的浏览器本地完成,粘贴的数据不会上传到任何服务器。

1. 表达矩阵

2. 样本分组(可选)

按列顺序给每个样本填一个组名(每行一个,或用逗号分隔);也可以每行写「样本名 + Tab + 组名」。留空 = 不分组。

3. 画哪些基因

4. 参数

先粘贴数据,或点「载入示例」看看效果。

  • 按行 z-score:每个基因(行)减去自己在各样本中的均值、再除以标准差(分母 n − 1,同 R 的 scale),只看同一基因在样本间的相对高低,不同基因之间不比绝对值。色阶在截断范围外的值按端点颜色画(默认 -1 到 1,与平台一致)。
  • 聚类:层次聚类,complete linkage(pheatmap 默认),距离可选欧氏距离或 1 − Pearson 相关;算法移植自 R 的 hclust,给定相同的距离时结果与 R 一致;但距离的最后几位小数可能与 R 略有出入,数据里有大量完全相同的数值(如很低的整数计数)时,树可能与 pheatmap 略有不同。z-score 时按未截断的 z-score 聚类。行聚类默认开、列聚类默认关(保持样本原顺序),与平台一致。
  • 含缺失值的行会整行去掉;基因超过 2000 个时自动取方差最大的 2000 个。建议输入已标准化、取过对数的数据(如 VST、log2 CPM / TPM)。
  • 下载的 TSV 是图里实际画的矩阵:z-score 时为未截断的 z-score,行列顺序与图一致。版式沿用平台出图规范(Arial、正文 6 pt),图宽可选 89 / 183 mm。